本发明提供一种用于费托合成蜡加氢转化的催化剂及其制备方法和应用，该催化剂组分包括Ni、W加氢金属，Y型分子筛，异构化分子筛以及氧化铝；该催化剂制备方法如下：首先，将氧化铝与水混合打浆后依次加入USY分子筛、Ni金属化合物，形成混合物；其次，将混合物放置于密闭反应釜中进行动态水热处理；再次，处理完成后加入异构化分子筛充分搅拌、过滤、干燥，加入稀硝酸后挤条成型、焙烧后；最后，采用等体积浸渍法浸渍W金属化物，干燥、焙烧，最后得到加氢裂化催化剂；本发明方法制备的加氢裂化催化剂具有适宜的酸性质、孔道性质和金属分散性，能够有效降低费托合成蜡加氢裂化过程中的二次裂解性能，提高轻质燃料油的收率和产品性质。