CA2702686C
有效
人非小细胞肺癌中的易位和突变 ROS 激酶
被抓的是: 1. 分离的多核苷酸 包括 核苷酸序列,其编码的多肽具有与包含SEQ ID NO: 1的氨基酸序列的CD74-ROS融合多肽相同的生物活性,并且与选自由以下组成的组的序列的全长至少95%相同 :(a)编码包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列的CD74-ROS融合多肽的核苷酸序列; (b)编码CD74-ROS融合多肽的核苷酸序列,所述核苷酸序列包含SEQ ID NO:2的核苷酸序列; (c) 编码 CD74-ROS 融合多肽的核苷酸序列,包含 SEQ ID NO: 3 的残基 1-208 和 SEQ ID NO: 的残基 1945-2222
5.和(d)包含SEQ ID NO:4的核苷酸1-624和SEQ ID NO:6的核苷酸6032-6865的核苷酸序列。
2. 重组载体的制作方法 包括 将权利要求1的分离的核酸分子插入载体中。
4. 一种重组宿主细胞的制备方法 包括 将权利要求3的重组载体引入宿主细胞。 6. 一种重组CD74-ROS融合多肽的制备方法,所述方法 包括 在适合表达所述融合多肽和回收所述多肽的条件下培养权利要求5的重组宿主细胞。 - 58 -
7. 一种分离的CD74-ROS融合多肽,与CD74-ROS融合多肽具有相同的生物学活性 包括 SEQ ID NO:1的氨基酸序列,并且包含与选自下组的序列的全长至少95%相同的氨基酸序列: (a)SEQ ID NO:1的氨基酸序列; (b) 包含 SEQ ID NO: 3 的残基 1-208 和 SEQ ID NO: 5 的残基 1945-2222 的氨基酸序列。
9. 权利要求8的抗体用于检测来自受试者的生物样品中CD74-ROS融合多肽的存在的用途 有 癌症。
10.权利要求9的用途, 其中 该检测以流式细胞术(FC)、免疫组织化学(IHC)或免疫荧光(IF)测定形式实施。
11.根据权利要求9或10的用途, 其中 所说的癌症是肺癌。
12.权利要求11的用途, 其中 所述肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。
13.一种体外测定化合物是否抑制癌症进展的方法 特点是 CD74-ROS融合多肽或编码所述CD74-ROS融合多肽的多核苷酸,所述方法包括确定所述化合物是否抑制所述CD74-ROS融合多肽在所述癌症中的表达或ROS激酶活性的步骤,其中所述CD74-ROS 融合多肽具有与包含 SEQ ID NO: 1 的氨基酸序列的 CD74-ROS 融合多肽相同的生物活性,并且包含与选自以下的序列的全长至少 95% 相同的氨基酸序列: (a) SEQ ID NO: 1 的氨基酸序列; (b) 包含 SEQ ID NO: 3 的残基 1-208 和残基的氨基酸序列
SEQ ID NO:5 的 19.5-2222。
14.如权利要求13所述的方法, 其中 使用权利要求8的至少一种抗体测定所述CD74-ROS融合多肽的表达抑制。
15. 一种检测生物样品中CD74-ROS融合多肽的试剂盒,所述试剂盒 包括 至少一种权利要求8的抗体,和一种或多种二级试剂。
16. 一种检测癌症中 CD74-ROS 融合多核苷酸存在的方法,所述方法 包括: 检测来自患有癌症的人类患者的生物样品中CD74-ROS融合多核苷酸的存在,其中所述生物样品包含癌细胞,并且其中所述CD74-ROS融合多核苷酸包含与全长至少95%相同的核苷酸序列 选自下组的序列的序列:(i)编码包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列的CD74-ROS融合多肽的核苷酸序列; (ii)编码CD74-ROS融合多肽的核苷酸序列,所述核苷酸序列包含SEQ ID NO:2的核苷酸序列; (iii)编码包含SEQ ID NO:3的残基1-208和SEQ ID NO:5的残基1945-2222的CD74-ROS融合多肽的核苷酸序列; (iv) 包含 SEQ ID NO: 4 的核苷酸 1-624 和 SEQ ID NO: 6 的核苷酸 6032-6865 的核苷酸序列。
17.如权利要求16所述的方法, 其中 所说的癌症是肺癌。
18.如权利要求17所述的方法, 其中 所述肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。 19. 根据权利要求16-18中任一项所述的方法, 其中 所述检测包括进行荧光原位杂交(FISH)测定或聚合酶链反应(PCR)测定。
20. 根据权利要求16-19中任一项所述的方法, 其中 所述检测包括核酸测序。
21. 根据权利要求16-20中任一项所述的方法, 其中 所述多核苷酸为DNA。
22. 根据权利要求16-20中任一项所述的方法, 其中 所述多核苷酸为RNA。
23. 根据权利要求16-22中任一项所述的方法, 其中 所述生物样本为肿瘤活检样本、胸腔积液样本或血液样本。
24. 根据权利要求16-23中任一项所述的方法, 其中 所述CD74-ROS融合多核苷酸包含与编码包含SEQ B3 NO: 1的氨基酸序列的CD74-ROS融合多肽的核苷酸序列的全长至少95%相同的核苷酸序列。
25.如权利要求24所述的方法, 其中 所述CD74-ROS融合多核苷酸包含编码CD74-ROS融合多肽的核苷酸序列,所述CD74-ROS融合多肽包含SEQ B3 NO:1的氨基酸序列。
26. 一种检测样品中 CD74-ROS 融合多核苷酸存在的方法, 包括: 用来自患有癌症的人类受试者的生物样品的多核苷酸在体外进行多核苷酸扩增反应,所述生物样品包含癌细胞,其中所述扩增反应利用一对引物,其中(i)引物对中的第一引物特异性退火 与由 SEQ ID NO: 4 的核苷酸 1-636 或其互补序列组成的多核苷酸结合,并且引物对中的第二引物特异性退火到由 SEQ ID NO: 6 的核苷酸 5756-7368 或其互补序列组成的多核苷酸, (ii) 引物对中的第一个引物与由 SEQ ID NO: 4 的核苷酸 1-636 或其互补序列组成的多核苷酸片段至少 95% 相同,并且引物对中的第二个引物在 与由 SEQ ID NO: 6 的核苷酸 5756-7368 或其互补物组成的多核苷酸片段至少 95% 相同,并检测扩增产物的存在或不存在,其中扩增产物的存在表明存在 所述样品中的 CD74-ROS 融合多核苷酸,其中所述 CD74-ROS 融合多核苷酸包含与选自由以下组成的组的序列的全长至少 95% 相同的核苷酸序列:(i)编码 CD74-ROS 的核苷酸序列 包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列的融合多肽; (ii)编码CD74-ROS融合多肽的核苷酸序列,所述核苷酸序列包含SEQ ID NO:2的核苷酸序列; (iii)编码包含SEQ ID NO:3的残基1-208和SEQ ID NO:5的残基1945-2222的CD74-ROS融合多肽的核苷酸序列; (iv) 包含 SEQ ID NO: 4 的核苷酸 1-624 和 SEQ ID NO: 6 的核苷酸 6032-6865 的核苷酸序列。
27.如权利要求26所述的方法, 其中 所述多核苷酸是DNA。
28.如权利要求26所述的方法, 其中 所述多核苷酸为RNA。
29. 根据权利要求26-28中任一项所述的方法, 其中 所述生物样本为肿瘤活检样本、胸腔积液样本或血液样本。
30. 根据权利要求26-29中任一项所述的方法, 其中 所说的癌症是肺癌。
31.如权利要求30所述的方法, 其中 所述肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。 - 62 -
32.如权利要求16所述的方法, 其中 所述检测包括进行FISH测定。
33.如权利要求32所述的方法, 其中 所述生物样本为肿瘤活检样本、胸腔积液样本或血液样本。
34.如权利要求32或33所述的方法, 其中 所述CD74-ROS融合多核苷酸包含与编码包含SEQ ID NO: 1的氨基酸序列的CD74-ROS融合多肽的核苷酸序列的全长至少95%相同的核苷酸序列。
35.如权利要求32或33所述的方法, 其中 所述CD74-ROS融合多核苷酸包含编码CD74-ROS融合多肽的核苷酸序列,所述CD74-ROS融合多肽包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列。
36.一对用于检测CD74-ROS融合多核苷酸的寡核苷酸, 包括: (i) 与由 SEQ ID NO: 4 的核苷酸 1-636 或其互补物组成的多核苷酸退火的第一寡核苷酸,和与由 SEQ ID NO: 6 的核苷酸 5756-7368 组成的多核苷酸退火的第二寡核苷酸,或 其互补序列,或 (ii) 与由 SEQ ID NO: 4 的核苷酸 1-636 或其互补序列组成的多核苷酸片段至少 95% 相同的第一寡核苷酸,以及至少 95% 的第二寡核苷酸 与由SEQ ID NO:6的核苷酸5756-7368或其互补物组成的多核苷酸的片段%同一性,其中所述CD74-ROS融合多核苷酸包含与选自以下的序列的全长至少95%同一的核苷酸序列 由以下组成的组:(i)编码包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列的CD74-ROS融合多肽的核苷酸序列; (ii)编码CD74-ROS融合多肽的核苷酸序列,所述核苷酸序列包含SEQ ID NO:2的核苷酸序列; (iii)编码包含SEQ ID NO:3的残基1-208和SEQ ID NO:5的残基1945-2222的CD74-ROS融合多肽的核苷酸序列; (iv) 包含 SEQ ID NO: 4 的核苷酸 1-624 和 SEQ ID NO: 6 的核苷酸 6032-6865 的核苷酸序列。
37.一种检测CD74-ROS融合多肽的方法, 包括: 检测来自患有癌症的人类患者的生物样品中的 CD74-ROS 融合多肽,其中所述生物样品包含癌细胞,并且其中所述 CD74-ROS 融合多肽包含与全长至少 95% 相同的氨基酸序列 选自下组的序列: (a) SEQ ID NO: 1 的氨基酸序列; (b) 包含 SEQ ID NO: 3 的残基 1-208 和 SEQ ID NO: 5 的残基 1945-2222 的氨基酸序列。
38.如权利要求37所述的方法, 其中 所说的癌症是肺癌。
39.如权利要求38所述的方法, 其中 所述肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。
40. 根据权利要求37-39中任一项所述的方法, 其中 所述生物样本为肿瘤活检样本、胸腔积液样本或血液样本。
41. 根据权利要求37-40中任一项所述的方法, 其中 该方法以选自流式细胞术(FC)、免疫组织化学(MC)和免疫荧光(IF)测定的形式实施。
42.如权利要求41所述的方法, 其中 检测包括使用结合所述CD74-ROS融合多肽的抗体。
43. 根据权利要求37-42中任一项所述的方法, 其中 CD74-ROS多肽包含包含SEQ ID NO: 3的残基1-208和SEQ ID NO: 5的残基1945-2222的氨基酸序列。 - 64 -
44.如权利要求43所述的方法, 其中 CD74-ROS多肽包含如SEQ ID NO: 1所示的氨基酸序列。
3.通过权利要求2的方法产生的重组载体。
5.通过权利要求4的方法产生的重组宿主细胞。
8.特异性结合或检测权利要求7的CD74-ROS融合多肽,但不结合或检测野生型CD74或野生型ROS的抗体。
