本发明公开了一种益生菌低聚果糖的制备方法，包括有混合搅拌机、纯净水、低聚果糖、蔗糖、辅料、益生菌、加热炉、纱网布、冷却室、成型模具、冷却定型、外观检查、包装整理，包括如下步骤：步骤一：将纯净水、低聚果糖、蔗糖、辅料按照百分比比例配比，将纯净水10％、低聚果糖60％、蔗糖20％、辅料7％和益生菌3％，依次放置在加热炉上的加热容器内，将加热炉的加热温度升高至70摄氏度。该益生菌低聚果糖的制备方法，使用该制备方法制备而成的益生菌低聚果糖，可使得益生菌低聚果糖在制备后成为液体状或固定状，使得益生菌低聚果糖在包装与售卖时具有多种选择性，使得益生菌低聚果糖可直接作为糖果供购买人员食用，提高益生菌低聚果糖的售卖范围。