本发明公开一种巴旦木壳仁分离机，涉及巴旦木壳仁分离技术领域。包括一级分离器、二级分离器和壳仁筛分装置，一级分离器的上端设有一级进料口、下端设有一级出料口，一级分离器内设有果壳破碎装置，果壳破碎装置包括沿水平方向并行设置的两个破壳辊，两个破壳辊设于进料口的下侧；二级分离器设有二级进料口和二级出料口，二级进料口与一级出料口连接，二级分离器内设有壳仁分离装置，壳仁分离装置包括叶片轴，叶片轴可旋转设置，二级进料口设于叶片轴的上侧；壳仁筛分装置设于二级出料口的下侧，用于对二级分离器排出的果壳和果仁筛分并收集。通过设置两级分离器，先破碎果壳，再将壳仁拍打，两级分离使壳仁分离更加彻底。