本发明公开了一种基于双频激光干涉系统信号处理板卡中不同通道间相位延迟的测量方法，双频激光干涉信号在光电转换器下转换成电信号后通过放大器、增益补偿、模数转换器转换后转换为数字信号，对数字信号同时进行一阶正交下的混频运算及低通滤波处理，去除掉混频后信号的高频分量，后对低通滤波处理后的信号进行混频及差分运算，从而求解出变频状态下的相位延迟，后在通过FPGA内部数字频率合成器生成信号与原始信号进行混频以及低通滤波处理，从而实时消除相位延迟的影响。本发明可对变频状态下的相位延迟进行求解，消除了变频状态下相位延迟难以求解的问题，以及解决了变频状态下相位延迟无法实时补偿的问题，提高了相位测量精度，可以广泛应用于干涉型激光传感技术领域。