本发明提供了一种基于微流控的可调光束分束器，包括：激光器、流体控制系统、Y分支波导和带CCD的倒置荧光显微镜；Y分支波导为PDMS在硅片上倒模制成的微流控芯片，且关于水平线对称，包括：芯层，位于芯层上方的包层A，位于芯层下方的包层B，位于波导末端的包层C，Y分支波导的分支点前设置一个朝向通道入口方向的楔形块，激光器输入光源通过光纤耦合到微流控芯片中，通过流体控制系统控制流体的流量大小，改变芯层流体的位置和宽度以实现动态调节分光比。本发明使用PDMS微流控芯片构建流体光波导进而得到一种基于微流控的可调光束分束器，实现了较大的分光比调节范围。制造工艺简单、实施成本低。