本发明公开了一种参与调控端粒长度的H3F3Aβ蛋白及其应用。H3F3Aβ蛋白的氨基酸序列如序列表SEQ ID NO:1所示。本发明构建H3F3Aβ特异性敲除细胞系及H3F3Aβ突变恢复细胞系，发现与野生型对照组相比，该H3F3Aβ特异性敲除细胞系的端粒长度显著缩短，且细胞增殖显著减慢，H3F3Aβ突变基因恢复细胞系的端粒长度显著加长，且细胞增殖显著加快，证明H3F3Aβ发挥参与端粒长度维持的生物学作用，通过过表达H3F3Aβ具有有效抑制端粒长度缩短的作用。鉴于端粒长度能够直接影响机体衰老进程，因此，本发明提供的H3F3Aβ及其突变体相关基因或重组表达载体具有制备抗衰老药物的潜力。