本发明公开了一种煤岩分时分运柔性排矸系统和方法，涉及煤矿井巷工程技术领域，该系统包括系统巷道、瓦斯综合巷、主运输巷、矸石运输巷、立式储矸仓、第一溜矸眼、第二溜矸眼和联巷，所述矸石运输巷通过所述立式储矸仓连通所述主运输巷，所述瓦斯综合巷通过所述第一溜矸眼连通所述矸石运输巷，所述系统巷道同层连通所述主运输巷、通过所述第二溜矸眼连通所述主运输巷或通过所述联巷连通所述矸石运输巷，所述系统巷道、瓦斯综合巷、主运输巷、矸石运输巷和联巷中均设有输送系统，所述系统巷道中还设有卧式储矸仓。本发明的优点在于：实现了岩巷排矸系统的连续化高效运输，提高了岩巷掘进的排矸效率。