本发明涉及一种基于灵活进路控制的列车运行控制系统，该系统包括列车计划管理系统ATS、列车进路管理系统RMS、轨旁设备管理系统TEMS、列控系统和车地无线传输系统；所述列控系统包括轨旁区域控制系统ZC和车载控制系统CC；所述列车计划管理系统ATS分别与轨旁区域控制系统ZC和列车进路管理系统RMS连接，所述列车进路管理系统RMS分别与轨旁区域控制系统ZC、车载控制系统CC和轨旁设备管理系统TEMS连接。与现有技术相比，本发明具有提高运营组织效率、提高进路资源的使用效率等优点。