本发明公开一种苘麻子水提物的提取方法及其应用，包括以下步骤：水浴加热苘麻子水溶液，并过滤；水浴减压法蒸发所得滤液，浓缩至原体积一半；加入乙醇，充分搅拌，并静置；过滤静置后的溶液，并水浴将溶液减压蒸馏；过滤，得苘麻子水提物。本发明的技术方案提取得到的苘麻子水提物，具有较低的细胞毒性，能够有效抑制PEDV病毒和PEDV其他变异毒株的复制，通过添加不同浓度的苘麻子水提物可显著降低感染后的PEDV CH‑JL2株的病毒滴度和其RNA的表达量。且苘麻子水提物对患病猪体体重下降情况有一定的缓解功效，通过病理组织切片发现，口服一定剂量的苘麻子水提物可减轻了患病猪肠管的病变程度。