本发明属于水电水利工程钻探技术领域，具体涉及一种超深复杂覆盖层钻进取心工艺。本发明包括的步骤：钻前准备；开孔钻进，安装孔口管；采用比孔口管直径小的SDB系列钻具，根据钻具的大小，按照从大到小依次钻进取心，当大一径SDB钻具不能裸孔钻进时，下入套管，接着更换比套管小一径的SDB钻具继续钻进取心，下入套管，依次循环直至SDB钻具钻进至结构密实的覆盖层；更换绳索取芯钻具，按钻具的大小，从大到小依次钻进，将钻杆留在孔中作为套管，更换小一径绳索取心钻具继续钻进取心，依次循环直至钻进至终孔；物探测井；终孔处理；钻后处理。本发明将SDB钻具钻进工艺和绳索取心工艺相结合，用于超深复杂覆盖层钻进取心，能降低劳动强度，提高钻进效率。