本发明公开了一种船用主机的废气处理系统，包括设有风机的废气通道，废气通道上由前往后依次设有余热利用装置、过滤装置和药剂处理装置；过滤装置包括过滤网，过滤网的中心位置开设有缺口，缺口内嵌装有扇叶，过滤网的部分网面伸入废气通道内形成拦截，废气通道在过滤网的后端分为主通道和副通道，副通道先穿过缺口，再反向穿过过滤网剩余部分网面，最后接入药剂处理装置。该系统可以进行余热利用、粒状污染物的过滤以及药剂处理，避免了热能的浪费，提高了处理效率和效果；该系统仅采用一个风机作为驱动件，实现废气输送，还能对过滤网进行自动反吹清理，省去了人工拆解清理的过程，且无需停机清理，十分方便，同时也节省了电能。