本发明提供一种时钟同步系统同步精度优化方法，属于网络通信领域。本发明按照IEEE1588协议进行端到端传输模式的报文交互，从节点设备获得各条报文中记录的时间戳与传输时延；从节点设备使用滤波算法对正向传输时延和逆向传输时延进行处理，结合时钟偏差计算公式，利用报文中的时间戳和处理后的传输时延计算从节点设备与主时钟的时钟偏差，最后用计算得到的时钟偏差调整本地时钟。本发明方法解决了IEEE1588协议端到端传输模式时钟同步系统内报文传输过程中存在的非对称时延对主节点与从节点设备时钟同步精度产生影响的问题，提高了网络通讯系统内设备之间的时间同步精度，具有广泛的应用前景。