本发明公开了一种基于Fasta、Fastq生物大数据的压缩方法，属于高压缩算法工具领域。包括以下步骤：S1、通过文件名后缀判定Fasta文件或者Fastq文件类型，解压文件并读取到内存中；S2、对Fasta文件或者Fastq文件进行分割处理，组成新的数组文件；S3、对新的数组文件进行代号字符数值分组和转换处理；S4、将转换以后的代号字符重新组成新的串，并进行替代存储，从而减少字符数量提高压缩率。本发明充分利用Fasta、Fastq数据格式的特征与计算机底层编码原理开展数据压缩算法与工具设计，采用基因碱基符号进行字符转换，以代号字符替换原有的碱基字符后再存储数据和进一步压缩。