一种均分等待时隙的生物电势信号同步采集系统及采集电路控制方法，系统包括触发脉冲发生器，第一、第二时序控制逻辑，第一、第二生物电势信号采集电路。由控制器产生等间隔的触发脉冲信号序列，触发时序控制逻辑向各生物电势信号采集电路并行发送各自所需的接口命令序列，控制其完成电路内所有通道的一次顺序采样及附加功能，上述流程重复进行。各采集电路接口和功能可不同，发送一条命令的时间亦不必相同，若发送一条命令的总时间小于触发脉冲周期，改变通道采样频率只需改变采样触发脉冲信号的频率。本发明提供一种控制多个接口、通道数、采样时间及附加功能不同的生物电势信号采集电路按所需采样频率采样的同步控制方法及系统，亦适用于单模数转换器时分复用采样的多通道生物电势信号采集电路。