本发明公开了一种生产船用燃料油的方法。该方法包括：（1）渣油原料与步骤（2）所得的流出物以及氢气混合进入固定床加氢单元进行第一加氢精制反应，得到加氢生成油；加氢生成油依次经常压分馏和减压分馏得到加氢减压渣油和加氢减压蜡油；（2）步骤（1）得到的部分加氢减压渣油与氢气混合进入上流式加氢反应器进行第二加氢精制反应，得到上流式加氢反应器流出物；（3）部分加氢减压渣油进行缓和热裂化，得到船用燃料油产品。该方法能够处理劣质渣油原料，既能够满足产品硫含量、粘度等的指标要求，又能够满足控制加氢深度和降低加工成本，同时所得低硫船用燃料油且胶溶体系稳定。