本发明公开了一种校正扩增子测序中扩增偏差的方法，通过扩增靶核酸，获取靶核酸的扩增子覆盖度，计算每个测试基因组区域靶核酸和参考基因组区域靶核酸之间的扩增子覆盖度比值，去除异常值，应用公式对扩增子覆盖度比值进行归一化，计算测试基因组区域扩增子和参考基因组区域扩增子之间各项参数的差值和应用另一公式拟合数据等步骤，将通过拟合计算得出的回归参数值用于校正扩增偏差，得到去除扩增偏差后的归一化扩增子覆盖度比值，从而消除了多重PCR扩增过程中因实验因素引起的扩增偏差。扩增偏差的消除有利于目标基因组区域拷贝数的精确计算，从而使应用扩增子测序数据检测微小拷贝数的变异成为可能。