JP2023515116A 审中 一种用于基因组编辑的新型 crispr-cas 系统
[权利要求1]
一种合成组合物,包括:
(a) Cas 核酸内切酶或其功能片段,其包含与选自 SEQ ID NO: 13、14、15 和 57 的序列至少 90% 相同的氨基酸序列;
(b) 目标双链 DNA 多核苷酸,其与所述 Cas 核酸内切酶的来源异源;和
(c) 包含可变靶向结构域的指导多核苷酸,所述可变靶向结构域包含与所述靶标双链DNA多核苷酸互补的区域;
其中所述Cas核酸内切酶或其功能片段识别所述靶标双链DNA多核苷酸上的PAM序列,所述指导多核苷酸和所述Cas核酸内切酶或其功能片段识别所述靶标。链状DNA多核苷酸,其中所述Cas核酸内切酶或其功能片段具有DNA结合活性。
[权利要求2]
2.根据权利要求1所述的合成组合物,其中所述Cas核酸内切酶作为编码所述Cas核酸内切酶的多核苷酸提供。
[权利要求3]
2.根据权利要求1所述的合成组合物,其中所述Cas核酸内切酶切割所述双链DNA多核苷酸。
[权利要求4]
2.如权利要求1所述的合成组合物,还包含异源多核苷酸。
[权利要求5]
5.如权利要求4所述的合成组合物,其特征在于,所述异源多核苷酸是表达元件。
[权利要求6]
5.如权利要求4所述的合成组合物,其特征在于,所述异源多核苷酸是转基因。
[权利要求7]
5.如权利要求4所述的合成组合物,其特征在于,所述异源多核苷酸是供体DNA分子。
[权利要求8]
5.如权利要求4所述的合成组合物,其特征在于,所述异源多核苷酸是多核苷酸修饰的模板。
[权利要求9]
一种合成组合物,包括:
(a) Cas 蛋白或其功能片段,其包含与选自 SEQ ID NOS: 13、14、15 和 57 的序列至少 90% 相同的氨基酸序列;
(b) 与所述 Cas 蛋白的来源异源的目标双链 DNA 多核苷酸,和
(c) 包含可变靶向结构域的指导多核苷酸,所述可变靶向结构域包含与所述靶标双链DNA多核苷酸互补的区域;
其中Cas蛋白识别目标双链DNA多核苷酸上的PAM序列,并且引导多核苷酸和Cas蛋白形成结合目标双链DNA多核苷酸的复合物,合成组合物,其中Cas蛋白包含DNA结合活性,缺乏双链 DNA 切割活性。
[权利要求10]
2.如权利要求1所述的合成组合物,还包含脱氨酶。
[权利要求11]
2.根据权利要求1所述的合成组合物,其中所述Cas核酸内切酶是融合蛋白的一部分。
[权利要求12]
12.如权利要求11所述的合成组合物,其特征在于,所述融合蛋白还包含异源核酸酶结构域。
[权利要求13]
2.如权利要求1所述的合成组合物,还包含真核细胞。
[权利要求14]
14.如权利要求13所述的合成组合物,其特征在于,所述真核细胞是植物细胞、动物细胞或真菌细胞。
[权利要求15]
15.根据权利要求14所述的合成组合物,其中所述植物细胞是单子叶植物细胞或双子叶植物细胞。
[权利要求16]
所述植物细胞为玉米、大豆、棉花、小麦、油菜、油菜、高粱、水稻、黑麦、大麦、小米、燕麦、甘蔗、草坪草、柳枝稷、苜蓿、向日葵、烟草、花生、马铃薯、拟南芥。 15.合成15.根据权利要求14所述的组合物,其来源于选自红花和番茄的生物体。
[权利要求17]
一种构建体,其包含编码可操作地连接至异源表达元件的Cas蛋白的多核苷酸,其中所述Cas蛋白包含选自SEQ ID NOS:13、14、15和57的序列以及至少90个共享%的构建体序列同一性并且其中Cas蛋白包含DNA结合活性。
[权利要求18]
2.如权利要求1所述的合成组合物,其中至少一种组分连接到固体基质上。
[权利要求19]
一种将靶向编辑引入靶多核苷酸的方法,包括:
(a) Cas 核酸内切酶或其功能片段,包含与选自 SEQ ID NO: 13、14、15 和 57 的序列至少 90% 相同的多肽,其中所述 Cas 核酸内切酶包含所述靶向识别多核苷酸上的PAM序列的Cas核酸内切酶或其功能片段,所述Cas核酸内切酶具有DNA结合活性;和
(b)包含与所述靶多核苷酸的一部分基本互补的可变靶向结构域的指导多核苷酸,所述指导多核苷酸和Cas核酸内切酶识别并结合所述靶多核苷酸;形成复合物的指导多核苷酸能够
一种包括提供异源组合物的方法,所述异源组合物包含
[权利要求20]
进一步包含细胞,并且与在引入所述异源组合物之前所述细胞的所述基因组的靶序列相比,将至少一种核苷酸修饰引入生物体的至少一种细胞的基因组中;孵育细胞并产生完整的从细胞中提取生物体; 将生物体的至少一个细胞的基因组与引入异源组合物之前细胞基因组的靶序列进行比较;并确认存在至少一种核苷酸修饰。
[权利要求21]
24.可通过权利要求23的方法获得的生物体的后代,所述后代包含所述Cas核酸内切酶或其功能片段。
[权利要求22]
23.如权利要求22所述的方法,其特征在于,所述细胞是真核细胞。
[权利要求23]
26.根据权利要求25所述的方法,其中所述真核细胞源自或获得自动物、真菌或植物。
[权利要求24]
27.根据权利要求26所述的方法,其中所述植物是单子叶植物或双子叶植物。
[权利要求25]
所述植物包括玉米、大豆、棉花、小麦、油菜、油菜籽、高粱、水稻、黑麦、大麦、小米、燕麦、甘蔗、草坪草、柳枝稷、紫花苜蓿、向日葵、烟草、花生、马铃薯、拟南芥、27.权利要求26,选自由红花和番茄组成的组。
[权利要求26]
23.如权利要求22所述的方法,还包括引入异源多核苷酸。
[权利要求27]
30.根据权利要求29所述的方法,其中所述异源多核苷酸是供体DNA分子或包含与所述细胞的序列至少50%相同的序列的多核苷酸修饰模板。
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