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物理学与AI药物筛选的前沿融合:2023上海国际计算生物学大赛探索精准高效新突破

新药情报编辑 | 2024-09-12 |

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近年来,人工智能技术已经深入到各个领域,并极大地改变了我们的日常生活。从战略游戏的AlphaGo到生物结构预测的AlphaFold,人工智能的发展引领了各行各业的创新。而在生物制药领域,AI技术的应用也正在逐步显现其巨大潜力。

AIforDrug团队的带头人、山东大学物理学院的博士生王泽琛介绍道:我们的团队名字即为药物研发服务的人工智能,这也是我们所专注的方向。他进一步解释,在当今生物制药的复杂数据环境中,AI技术正成为解析这些数据并推动药物研发的重要工具。

实验室与赛场:从理论走向实践

在谈及此次比赛经历时,王泽琛表达了他们通过真实项目检验AI算法和实验经验的愿望。过去我们主要是开发算法,很少能直接应用于实际项目。这次比赛让我们认识到,为特定需求设计具体解决方案的重要性,而非一刀切地依赖通用算法,王泽琛对团队的成长发表了深刻的感受。

此次赛事由上海市科委主办,旨在通过比赛的方式选拔尖端项目。参赛题目针对新型NMDA受体GluN1/GluN3A的研究,期望借助参赛团队的创新方案与实验验证,为解决诸如抑郁症阿尔茨海默病癫痫疼痛等神经系统疾病提供新药研发的基础。

谈到团队的技术优势,王泽琛介绍说:我们不仅仰赖单一算法,而是进行了多步骤处理。首先,我们通过人工智能对蛋白质和化合物分子的序列信息进行初筛,从原有数据库中的1800万个分子筛选到几万个。然后,对这些分子进行蛋白质-配体复合物结构建模,并使用AI算法预测其结合亲和力。

作为物理学专业的博士生,王泽琛在建模过程中融入了物理学的思想,他指出:毕竟,蛋白质与配体的相互作用本质上是一个物理问题,我们在神经网络模型中隐含地体现了这种相互作用能。这种创新性的算法设计极大地提升了研究成果的可靠性和有效性。

他强调实际应用需要实验来检验。对于AIforDrug团队来说,本次赛事不仅是一次检验算法实际效果的机会,也是推动研究向更高水平发展的动力。我们通过主办方提供的数据库,成功找到一个高活性分子,但若要使其成为实际药物,仍需大量工作。

惊喜与动力并存

王泽琛用惊喜来形容比赛结果。他解释说,这次比赛研究的受体亚型在国际上尚未得到广泛研究,主办方提供了三个数据库,要求参赛团队利用AI算法从中筛选出100个分子。当回忆起比赛的艰辛历程时,王泽琛坦言:能进前五,确实是我们的幸运。

此外,王泽琛指出,这次比赛不仅考验了研究能力,更多的是实际应用的经验积累。过去我们主要在一些公共数据集上测试算法,而这次是在真实项目中进行检验,他解释道,即使在学术研究中表现再好,若没有实际应用的成功案例,也是缺乏实质意义的。

最终,王泽琛表示,这次比赛为他们未来的研究方向提供了新的动力,验证了算法在实际应用中的潜力,也让他们对未来的工作充满信心。



免责声明:新药情报内容编辑团队专注于介绍全球生物医药健康研究的最新进展,本文旨在提供信息交流,不代表任何立场或治疗方案推荐。如需专业医疗建议,请咨询正规医疗机构。

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